Все части чернокорня лекарственного содержат алкалоиды (циноглоссин, циноглоссеин), глюкоалкалоид консолидин, дубильные вещества, смолы, горькое вещество циноглоссоидин. Листья чернокорня применяют при судорогах, простуде, кашле, поносах, дизентерии, различных воспалениях, артритах, ревматизме, а также как хорошее противовоспалительное, болеутоляющее, отхаркивающее и кровоостанавливающее средство. Настой надземной части растения применяют (внутрь) при дизентерии, утероптозе, кишечных коликах, лёгочных, кишечных и желудочных кровотечениях.