Багульник болотный побеги применяют как противокашлевое и отхаркивающее средство при острых и хронических бронхитах с бронхоспастическим компонентом, бронхиальной астме и коклюше. Улучшая откашливание и подавляя кашель, они предупреждают нежелательные изменения в системе кровообращения, устраняют бессонницу, головную боль. Также применяется в качестве мочегонного, дезинфицирующего и антисептического средства. Во всех частях этого растения, разве что кроме корней, содержится эфирное масло.