В траве пустырника присутствуют алкалоиды, содержащиеся лишь в начале цветения, флавоноиды (кверцетин, рутин и пр.). Обнаружены также стахидрин, сапонины, дубильные вещества, горькие и сахаристые вещества, эфирное масло. Пустырник назначается как успокаивающее средство при повышенной нервной возбудимости, бессоннице, сердечно-сосудистых неврозах, ранней стадии гипертонии. В народной медицине пустырник применяют при заболеваниях мочевого пузыря, при сердцебиении, от головной боли, от кашля.