Мордовник обыкновенный содержит в своем составе алкалоиды, включая эхинопсин и эхинопсеин, жирное масло, флавоноиды, рутин, витамин С, стероиды, кумарины, сапонины, дубильные вещества и тритерпеноиды. Водную настойку семян используют для лечения параличей и невритов, а спиртовую – при мышечной атрофии и псориазе. Наружное лечение отварами, настоями и настойками из мордовника помогает при гнойных ранах, фурункулах и экземе.