Все части чернокорня лекарственного содержат алкалоиды (циноглоссин, циноглоссеин), глюкоалкалоид консолидин, дубильные вещества, смолы, горькое вещество циноглоссоидин.

Чернокорень корней растения применяют при судорогах, простуде, кашле, поносах, дизентерии, различных воспалениях, артритах, ревматизме, а также как хорошее противовоспалительное, болеутоляющее, отхаркивающее и кровоостанавливающее средство, а также воспалительных заболеваниях кожи, язвах, ушибах, ранах, порезах, опухолях, жировиках, скрофулезе, ожогах, фурункулах, укусах бешеными животными, змеями, при нарывах, от ломоты в костях. Для стимулирования роста волос при облысении рекомендуют наносить на волосистую часть головы кашицу из свежих корней растения.